O Pantanal apresenta clima tropical com duas estações definidas: chuva e
seca. A estação seca refere-se ao período com baixos valores de precipitação que
ocorre em todos os anos. Já, a estiagem representa a ausência total de chuvas,
independente da estação do ano, fato que está ocorrendo atualmente na região do
Pantanal. A estação da seca pode ser mais ou menos intensa, dependente da
distribuição/intensidade das chuvas que é variável dentro e entre anos e sub-regiões
do Pantanal.
Por ser uma planície sazonalmente inundável, as plantas e os animais são adaptados às
suas enchentes e secas anuais. Irregularidades como as cheias e secas plurianuais
extremas representam estresse adicional para os organismos que habitam a região.
As secas
pronunciadas provocam mortalidade elevada nos estoques de animais aquáticos e
pressionam os animais exóticos e silvestres a se concentrarem nas proximidades de
poças de água e canais restantes na busca de alimentos e água para dessedentação.