Principais espécies típicas do Pantanal 

Répteis

Os mais encontrados da região são a iguana (espécie herbívora que faz seus ninhos junto às margens dos rios),e o jacaré.

Há alguns anos, o jacaré encontrava-se em ameaça de extinção, em decorrência da caça ilegal. Hoje, porém, afirma-se que há mais de três milhões de jacarés adultos na região, vivendo em rios, lagoas e corixos.

Aves

São encontradas as mais variadas espécies de pássaros e aves em todo o bioma. O tuiuiú, considerado o símbolo do Pantanal, pertence à família das cegonhas européias, podendo medir mais de 1,5m e pesar dez quilos.

Outra espécie marcante do Pantanal, presente na lista dos ameaçados de extinção, a arara-azul pode ser avistada nas proximidades das fazendas. Na época do acasalamento, ocorre a separação em casais, dando origem a ninhos na parte oca das árvores.

Outros exemplos de espécies encontradas são o colhereiro, o biguá, a andorinha, o gavião-preto, o gavião-de-penacho, o chororó e a garça.

Mamíferos 

Duas importantes espécies estão ameaçadas de extinção: o lobo-guará e a ariranha. A onça-pintada é um dos animais de maior porte, junto com a onça-parda (ou suçuarana).Veados, macacos e capivaras também merecem destaque quanto à ocorrência no bioma.Há uma grande quantidade de GADO e um forte desenvolvimento de pecuária ao longo dos mais de 250.000 quilômetros de superfïcie da região.

Peixes

Piranha, curimbatá, pacu, pintado e dourado são algumas dos diversos tipos de peixes encontrados nos rios, lagoas e corixos da região.

Problemas ecológicos

A caça indiscriminada e predatória de animais como jacarés e ariranha (para obter couro e pele), a pesca na piracema (período de reprodução dos peixes, onde é vedada a atividade pesqueira nos cursos d'água), o fechamento de bocas de baías (berçários da ictiofauna pantaneira)na região do Caronal (início do leque aluvial do rio Taquari) por latifúndios de pecuária e o desequilíbrio ecológico (causado pela matança de algumas espécies) são os mais graves problemas relacionados à fauna pantaneira.