A vegetação do Pantanal é um mosaico de matas, cerradões, savanas - com espécies como cambará-lixeira, canjiqueira, carandá, etc, campos inundáveis de diversos tipos, brejos e lagoas com plantas típicas como camalotes. No Pantanal, é comum a ocorrência de formações vegetais, entre elas estão os carandazais, nos quais o elemento predominante é a palmeira carandá, os buritizais, onde domina a palmeira buriti e os paratudais, formados por um tipo de ipê, o paratudo. A flora pantaneira tem alto potencial econômico: pastagens nativas, plantas apícolas, comestíveis, taníferas e medicinais.

Nas beiras dos rios há uma mata-de-galeria ou mata ciliar, com espécies vegetais como o tucum, o jenipapo, o cambará e o pau-de-novato.

 A grande extensão territorial e diversidade climática do Brasil explicam a riqueza vegetal que o país possui. As espécies vegetais nativas e exóticas conhecidas representam apenas uma amostra das que provavelmente existem (acredita-se que conhecemos apenas 60 a 80%). Grande parte da cobertura vegetal primitiva já foi e continua sendo devastada, criando riscos de acidentes e desequilíbrios ecológicos.

A flora brasileira está espalhada por diversos habitats, desde florestas de terra firme até os campos com sua vegetação de pequenas plantas e musgos. A maior parte da flora brasileira se encontra na Mata Atlântica e na floresta amazônica, embora o Pantanal mato-grossense também apresente grande variedade vegetal.

Além das plantas nativas, a flora brasileira recebeu exemplares de outras regiões tropicais trazidas pelos portugueses durante o período colonial. Várias dessas espécies restringiram-se as áreas agrícolas como o arroz, a cana-de-açúcar, a banana e as frutas cítricas. Outras se adaptaram bem e se espalharam pelas florestas a tal ponto que são confundidas com espécies nativas. As plantas medicinais são amplamente usadas pela população, embora pouco se conheça cientificamente sobre seu uso. A população indígena também utilizou e ainda utiliza a flora brasileira, porém tal conhecimento tem se perdido com sua aculturação. É possível que muitas espécies de plantas brasileiras tenham uso terapêutico ainda desconhecido. Esse conhecimento entretanto está ameaçado pelo desmatamento e pela expansão das terras agropecuárias. A flora do Pantanal é constituída por plantas migradas do Cerrado, da Amazônia (por exemplo, camalote-da-meia-noite e vitória-régia), do Chaco e da Mata Atlântica, ocorrendo raras espécies exclusivas (endêmicas) do Pantanal. Entretanto, os arranjos das espécies são característicos da região.

A vegetação do Pantanal é muito variada, principalmente em função da inundação e do solo. Geralmente distribuídas em mosaico, as principais paisagens são: